marimoDistributions2

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.11.31%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(width%3D%22medium%22)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(distribution_selection%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20if%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title_text%20%3D%20f'''%23%20%7Bdistribution_selection.value%7D%20fitter'''%2B%20r'''%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5C%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5Ctextrm%7Bpdf%7D(x%3B%20%5Cmu%2C%20%5Csigma)%20%3D%20%5Cfrac%7B1%7D%7Bx%20%5Csigma%20%5Csqrt%7B2%5Cpi%7D%7D%20%5Cexp%5Cleft%5B%5Cfrac%7B-(%5Cln%20x%20-%20%5Cmu)%5E2%7D%7B2%5Csigma%5E2%7D%5Cright%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5C%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'''%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title_text%20%3D%20f'''%23%20%7Bdistribution_selection.value%7D%20fitter'''%20%2B%20r'''%0A%20%20%20%20%20%20%20%20this%20distribution%20is%20not%20supported'''%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f'%7Btitle_text%7D')%0A%20%20%20%20return%20(title_text%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20output)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%7Boutput%7D%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20output%2C%0A%20%20%20%20show_estimated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_estimated%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_simulated%2C%0A%20%20%20%20show_simulated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20x_axis_title%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%7Boutput%7D%22)%0A%0A%0A%20%20%20%20matplotlib_fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots()%0A%20%20%20%20ax.set_xlabel(f%22%7Bx_axis_title.value%7D%22)%0A%20%20%20%20ax.set_ylabel('counts')%0A%0A%0A%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ax.bar(fig.data%5B0%5D.x%2C%20fig.data%5B0%5D.y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22grey%22%2C%20edgecolor%20%3D%20%22black%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidth%20%3D%200.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%20%3D%20fig.data%5B0%5D.x%5B1%5D%20-%20fig.data%5B0%5D.x%5B0%5D)%0A%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%0A%20%20%20%20if%20show_estimated_checkbox.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(fig.data%5B1%5D.x%2C%20fig.data%5B1%5D.y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22darkcyan%22%2C%20linestyle%20%3D%20%22--%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20if%20show_fit_from_estimated.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(fig.data%5B2%5D.x%2C%20fig.data%5B2%5D.y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22darkcyan%22%2C%20linewidth%20%3D%204)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.annotate(fig.layout.annotations%5B2%5D.text.replace(%22%3C%2Fbr%3E%22%2C%20%22%22).replace(%22%3Cu%3E%22%2C%20%22%22).replace(%22%3C%2Fu%3E%22%2C%20%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xy%20%3D%20(0.45*(fig.layout.xaxis.range%5B1%5D%20%2B%20fig.layout.xaxis.range%5B0%5D)%2C%20fig.layout.yaxis.range%5B1%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22darkcyan%22%2C%20ha%20%3D%20%22right%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20if%20show_simulated_checkbox.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(fig.data%5B3%5D.x%2C%20fig.data%5B3%5D.y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22orange%22%2Clinestyle%20%3D%20%22--%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%0A%20%20%20%20if%20show_fit_from_simulated.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.plot(fig.data%5B4%5D.x%2C%20fig.data%5B4%5D.y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22orange%22%2C%20linewidth%20%3D%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.annotate(fig.layout.annotations%5B4%5D.text.replace(%22%3C%2Fbr%3E%22%2C%20%22%22).replace(%22%3Cu%3E%22%2C%20%22%22).replace(%22%3C%2Fu%3E%22%2C%20%22%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20xy%20%3D%20(0.55*(fig.layout.xaxis.range%5B1%5D%20%2B%20fig.layout.xaxis.range%5B0%5D)%2C%20fig.layout.yaxis.range%5B1%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%20%3D%20%22orange%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%20%20%20%20ax%0A%20%20%20%20return%20ax%2C%20matplotlib_fig%2C%20plt%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20r%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Welcome%20to%20the%20Lear%20laboratories%20distribution%20fitter!%20%20This%20is%20(as%20always)%20a%20work%20in%20progress%2C%20but%20can%20be%20used%20to%20fit%20data%20to%20distributions.%20Steps%20for%20use%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%201.%20Select%20the%20distribution%20you%20want%20to%20fit%20(currently%2C%20only%20lognormal%20is%20supported.)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%202.%20The%20plot%20starts%20empty%2C%20except%20for%20a%20dashed%20yellow%20line%2C%20which%20is%20a%20curve%20based%20off%20the%20parameter%20values%20in%20the%20%22simulated%22%20column.%20%20You%20can%20use%20this%20without%20data%20to%20explore%20the%20behavior%20of%20the%20distribution.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%203.%20If%20you%20want%20to%20plot%2Ffit%20data%2C%20select%20a%20data%20file%20with%20data%20you%20want%20to%20fit.%20%20Current%2C%20this%20expects%20data%20with%20values%20in%20the%20first%20column%2C%20and%201%20header%20row.%20This%20will%20eventually%20be%20adjusted%20to%20be%20more%20flexible.%20As%20soon%20as%20you%20select%20the%20data%2C%20you%20should%20have%20a%20histogram%20shown.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%204.%20If%20you%20press%20the%20%22estimate%20distribution%20parameters%20button%2C%22%20the%20program%20will%20attempt%20to%20provide%20reasonable%20parameter%20estimates.%20These%20are%20provided%20under%20the%20button.%20%20The%20line%20associated%20with%20it%20is%20shown%20in%20dashed%20dak%20cyan.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%205.%20If%20you%20want%20to%20fit%20the%20data%2C%20you%20can%20do%20so%20from%20either%20the%20estimated%20parameters%2C%20or%20the%20simulated%20parameters.%20This%20allows%20you%20to%20test%20the%20robustness%20of%20your%20fit---do%20you%20obtain%20the%20same%20values%20starting%20from%20different%20initial%20guesses.%20Pressing%20either%20fit%20button%20will%20give%20you%20a%20solid%20line%20of%20the%20corresponding%20color%2C%20and%20will%20also%20add%20the%20extracted%20parameter%20values%20and%20uncertainties%20(standard%20errors)%20to%20the%20plot.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%206.%20You%20can%20hide%20any%20of%20these%20plots%20by%20checking%20or%20unchecking%20the%20%22show%22%20boxes%20corresponding%20to%20them.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Later%20on%2C%20functionality%20will%20be%20added%20to%20export%20the%20results.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20%23%20historical%20plotting%20of%20potly...%20not%20included%20currently%20because%20web%20assembly%20and%20kaliedo%20do%20not%20play%20well%20togehter%0A%0A%20%20%20%20'''%0A%20%20%20%20mo.md(f%22%7Boutput%7D%22)%0A%20%20%20%20%23mo.output.show(fig)%0A%20%20%20%20%23mo.ui.plotly(fig)%0A%20%20%20%20%23%20Convert%20the%20figure%20to%20an%20HTML%20string%0A%20%20%20%20html_str%20%3D%20pio.to_html(fig%2C%20full_html%3DTrue%2C%20include_plotlyjs%3D'cdn')%0A%0A%20%20%20%20%23%20Display%20the%20HTML%20string%20in%20Marimo%20using%20an%20iframe%0A%20%20%20%20mo.iframe(html_str)%0A%20%20%20%20'''%0A%0A%0A%20%20%20%20h%3DTrue%20%23%20just%20a%20dummy%20to%20prevent%20output%0A%20%20%20%20return%20(h%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20pull_OG_data()%3A%0A%20%20%20%20%23%20how%20to%20get%20the%20OG%20data.%0A%20%20%20%20def%20pull_OG_data(fig)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20OG_data%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20num%20in%20fig.layout.annotations%5B0%5D.text.replace(%22%5B%22%2C%22%22).replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22).replace(%22%5D%22%2C%20%22%22).split(%22%20%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(num)%20%3E0%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20OG_data.append(float(num))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20OG_data%0A%20%20%20%20return%20(pull_OG_data%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20pull_fit_params_from_fig()%3A%0A%20%20%20%20%23%20how%20to%20get%20paramter%20values%20and%20uncertainties%0A%20%20%20%20def%20pull_fit_params_from_fig(fig%2C%20tr)%3A%20%23%20figure%2C%20and%20the%20number%20of%20the%20trace%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%20%3D%20%5B%5B%5D%2C%5B%5D%2C%5B%5D%5D%20%23%20will%20hold%20lists%20of%20names%2C%20values%2C%20and%20uncertainties%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20line%20in%20fig.layout.annotations%5Btr%5D.text.split(r%22%3C%2Fbr%3E%22)%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22%3D%22%20in%20line%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20entry%20in%20line.split(%22%2C%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20name%2C%20value_string%20%3D%20entry.split(%22%3D%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22%5Cu00B1%22%20in%20value_string%3A%20%23%20then%20uncertainty%20was%20calculated%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%2C%20uncertainty%20%3D%20value_string.split(%22%5Cu00B1%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B0%5D.append(name.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B1%5D.append(value.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B2%5D.append(uncertainty.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20%22%5Cu00B2%22%20in%20name%3A%20%23%20dealing%20with%20goodness%20of%20fit%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20value_string%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B0%5D.append(name.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B1%5D.append(value.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B2%5D.append(None)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%20%23%20no%20uncertainty%20was%20recorded...%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%20value_string%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20uncertainty%20%3D%20%22not%20estimated%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B0%5D.append(name.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B1%5D.append(value.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters%5B2%5D.append(uncertainty.strip().replace(%22%5Cn%22%2C%20%22%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20parameters%0A%20%20%20%20return%20(pull_fit_params_from_fig%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20distribution_selection%2C%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20pull_OG_data%2C%0A%20%20%20%20pull_fit_params_from_fig%2C%0A%20%20%20%20save_button%2C%0A%20%20%20%20zip_longest%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20if%20save_button.value%3A%20%23%3C--%20time%20to%20save%2C%20we%20can%20use%20the%20figure%20object%20to%20save%20EVERYTHING%20we%20want%20to!%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20save%20all%20the%20data%20from%20the%20figure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20save%20the%20fit%20parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20write%20out%20the%20equation%20that%20will%20work.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20header%20%3D%20%22data%2C%20bin%20centers%2C%20bin%20counts%2C%20simulated%20x%2C%20fit%20from%20estimated%20y%2C%20fit%20from%20simulated%20y%2C%20parameter%2C%20fit%20from%20estimated%2C%20%2B-%20%2C%20fit%20from%20simluated%2C%20%2B-%20%2C%20equation%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20get%20OG%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20pull_OG_data(fig)%20%23%20%3C--%20arrange%20figure%20to%20have%20the%20data...%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20data%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(data)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23get%20bar%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bcenters%20%3D%20fig.data%5B0%5D.x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bcounts%20%20%3D%20fig.data%5B0%5D.y%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20bcenters%2C%20bcounts%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20fit%20fit%20data%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_x%20%3D%20fig.data%5B2%5D.x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_y%20%3D%20fig.data%5B2%5D.y%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_y%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated_x%20%3D%20fig.data%5B4%5D.x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated_y%20%3D%20fig.data%5B4%5D.y%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simualted_y%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(fit_from_estimated_x)%20%3D%3D%200%20and%20len(fit_from_simulated_x)%20%3D%3D%200%3A%20%23%20no%20fitting%20was%20done%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_x%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20len(fit_from_estimated_x)%20%3E%20len(fit_from_simulated_x)%3A%20%23%20then%20only%20x%20estimated%20was%20fit%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_x%20%3D%20fit_from_estimated_x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%20%23%20either%20both%20were%20fit%2C%20or%20only%20simulated%2C%20doesn't%20matter%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_x%20%3D%20fit_from_simulated_x%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20get%20fit%20parameters...%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_estimated_fit%20%3D%20pull_fit_params_from_fig(fig%2C%202)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_estimated_fit%20%3D%20%5B%5B%5D%2C%5B%5D%2C%5B%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_simulated_fit%20%3D%20pull_fit_params_from_fig(fig%2C%204)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_simulated_fit%20%3D%20%5B%5B%5D%2C%5B%5D%2C%5B%5D%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(parameters_from_estimated_fit)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(parameters_from_simulated_fit)%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20open(f%22%7Bdistribution_selection.value%7D%20fit%20of%20%7Bfile_button.value%5B0%5D.name%7D.csv%22%2C%20%22w%22%2C%20encoding%3D%22utf-8%22)%20as%20f%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(header)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(%22%5Cn%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20zip_longest(data%2C%20bcenters%2C%20bcounts%2C%20fit_x%2C%20fit_from_estimated_y%2C%20fit_from_simulated_y%2C%20parameters_from_estimated_fit%5B0%5D%2C%20parameters_from_estimated_fit%5B1%5D%2C%20parameters_from_estimated_fit%5B2%5D%2C%20parameters_from_simulated_fit%5B0%5D%2C%20parameters_from_simulated_fit%5B1%5D%2C%20parameters_from_simulated_fit%5B2%5D)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20item%20in%20row%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20item%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(%22%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(str(item))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(%22%2C%20%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f.write(%22%5Cn%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bcenters%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bcounts%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20data%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simualted_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated_y%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_x%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20header%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20item%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_estimated_fit%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20parameters_from_simulated_fit%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20row%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20loadfromfile(Path%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20def%20load_data(file%2C%20header_rows%20%3D%201%2C%20data_col%20%3D%200)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(file.value)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20values%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filename%20%3D%20Path(file.value%5B0%5D.name)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_contents%20%3D%20(file.value%5B0%5D.contents)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(file_contents)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20str(file.value%5B0%5D.contents).replace(r'%5Cr'%2C%20'').split(r'%5Cn')%5Bheader_rows%3A-1%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20parsed_row%20%3D%20row.split(%22%2C%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(parsed_row%5Bdata_col%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20values.append(float(parsed_row%5Bdata_col%5D))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23values%20%3D%20np.array(values)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20np.array(values)%0A%20%20%20%20return%20(load_data%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(fig%2C%20np)%3A%0A%20%20%20%20def%20estimate_lognormal_parameters(data)%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sigma_ln%20%3D%20np.std(np.log(data)%2C%20ddof%20%3D%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mu_ln%20%3D%20np.mean(np.log(data))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23mu_ln%20%3D%20np.log(np.mean(data))%20-sigma_ln**2%2F2%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20intensity_ln%20%3D%20len(data)%20*%20(fig.data%5B0%5D.x%5B-1%5D%20-%20fig.data%5B0%5D.x%5B-2%5D)%20%23%20%3C-%20the%20last%20term%20is%20because%20we%20need%20to%20multiply%20by%20the%20bin%20width%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%5Bintensity_ln%2C%20mu_ln%2C%20sigma_ln%5D%0A%20%20%20%20return%20(estimate_lognormal_parameters%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(get_max_y_value)%3A%0A%20%20%20%20def%20set_y_range(fig)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.update_yaxes(range%20%3D%20%5B0%2C%20get_max_y_value(fig)*1.05%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.update_yaxes(range%20%3D%20%5B0%2C1%5D)%0A%20%20%20%20return%20(set_y_range%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20distribution_selection%2C%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20load_data%2C%0A%20%20%20%20quickBin%2C%0A%20%20%20%20set_y_range%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20if%20len(file_button.value)%3E0%20and%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20measurements%20%3D%20load_data(file_button)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B0%5D.text%20%3D%20str(measurements)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23print(measurements)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bin_centers%2C%20bin_counts%20%3D%20quickBin(measurements)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B0%5D.x%20%3D%20bin_centers%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B0%5D.y%20%3D%20bin_counts%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.update_xaxes(range%20%3D%20%5B0%2C%20bin_centers%5B-1%5D%20%2B%20bin_centers%5B-1%5D%20-%20bin_centers%5B-2%5D%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_y_range(fig)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.title%5B'text'%5D%3D%20f%22%7Bfile_button.value%5B0%5D.name%7D%22%0A%20%20%20%20return%20bin_centers%2C%20bin_counts%2C%20measurements%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20estimate_button%2C%0A%20%20%20%20estimate_lognormal_parameters%2C%0A%20%20%20%20estimated_lognormal_params%2C%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20lognorm%2C%0A%20%20%20%20lognormal_intensity_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_mu_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_sigma_number%2C%0A%20%20%20%20measurements%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20set_y_range%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20plot_lognormal_pdf(intensity%2C%20mean%2C%20sigma%2C%20trace)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sim_x%20%3D%20np.linspace(0%2C%20fig.layout.xaxis.range%5B-1%5D%2C%201000)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sim_x%20%3D%20np.linspace(0%2C%2010%2C%201000)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5Btrace%5D.x%20%3D%20sim_x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5Btrace%5D.y%20%3D%20intensity%20*%20lognorm.pdf(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sim_x%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s%20%3D%20sigma%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%20%3D%20np.exp(mean)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_y_range(fig)%0A%0A%20%20%20%20%23%20this%20will%20handle%20plotting%20of%20estimated%20values%20for%20lognormal%0A%20%20%20%20if%20estimate_button.value%20and%20len(file_button.value)%3E0%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20temp_estimated_lognormal_params%20%3D%20estimate_lognormal_parameters(measurements)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_lognormal_pdf(temp_estimated_lognormal_params%5B0%5D%2C%20temp_estimated_lognormal_params%5B1%5D%2C%20temp_estimated_lognormal_params%5B2%5D%2C%201)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimated_lognormal_params%5B0%5D%20%3D%20temp_estimated_lognormal_params%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimated_lognormal_params%5B1%5D%20%3D%20temp_estimated_lognormal_params%5B1%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimated_lognormal_params%5B2%5D%20%3D%20temp_estimated_lognormal_params%5B2%5D%0A%0A%0A%0A%20%20%20%20plot_lognormal_pdf(lognormal_intensity_number.value%2C%20lognormal_mu_number.value%2C%20lognormal_sigma_number.value%2C%203)%0A%20%20%20%20return%20plot_lognormal_pdf%2C%20temp_estimated_lognormal_params%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(LognormalModel%2C%20fig%2C%20get_max_y_value%2C%20math%2C%20np%2C%20set_y_range)%3A%0A%20%20%20%20def%20get_decimal_precision(number)%3A%20%20%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20-1*(math.floor(math.log10(abs(number)))-1)%0A%0A%20%20%20%20def%20fit_lognormal_distribution(param_estimates%2C%20source%20%3D%20None)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ln_model%20%3D%20LognormalModel()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ln_model_params%20%3D%20ln_model.make_params()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ln_model_params.add_many(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22amplitude%22%2C%20param_estimates%5B0%5D%2C%20True%2C%200%2C%20None)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22center%22%2C%20np.log(param_estimates%5B1%5D)%2C%20True%2C%200%2C%20None)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22sigma%22%2C%20param_estimates%5B2%5D%2C%20True%2C%200%2C%20None)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ln_fit%20%3D%20ln_model.fit(fig.data%5B0%5D.y%2C%20ln_model_params%2C%20x%20%3D%20np.array(fig.data%5B0%5D.x))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20print(ln_fit.fit_report())%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20source%20%3D%3D%20%22simulated%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p%20%3D%204%20%23%20position%20of%20annoation%2C%20etc.%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_pos%20%3D%20np.max(fig.data%5Bp-1%5D.x)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20source%20%3D%3D%20%22estimated%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20p%20%3D%202%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_pos%20%3D%200%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20ln_fit.success%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20FIRST%20handle%20all%20the%20stuff%20that%20does%20not%20assume%20the%20presence%20of%20error%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5Bp%5D.x%20%3D%20fig.data%5Bp-1%5D.x%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5Bp%5D.y%20%3D%20ln_fit.eval(x%20%3D%20np.array(fig.data%5Bp%5D.x))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_mu%20%3D%20ln_fit.params%5B'center'%5D.value%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_sigma%20%3D%20ln_fit.params%5B'sigma'%5D.value%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_mu%20%3D%20np.exp(fit_mu%20%2B%20fit_sigma**2%2F2)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_sigma%20%3D%20np.sqrt((np.exp(fit_sigma**2)-1)*np.exp(2*fit_mu%20%2B%20fit_sigma**2))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20then%20handle%20things%20that%20require%20error%2C%20and%20plan%20output%20if%20error%20did%20not%20exist.%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_warning_string%20%3D%20%22%22%20%23%20no%20need%20for%20this%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_mu_error%20%3D%20ln_fit.params%5B'center'%5D.stderr%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_sigma_error%20%3D%20ln_fit.params%5B'sigma'%5D.stderr%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_mu_error%20%20%3D%20np.sqrt(%20(np.exp(fit_mu%20%2B%20fit_sigma**2%2F2)*fit_mu_error)**2%20%2B%20(np.exp(fit_mu%20%2B%20fit_sigma**2%2F2)*fit_sigma*fit_sigma_error)**2%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_sigma_error%20%3D%200.5*np.sqrt(2*((np.exp(fit_sigma**2)%20-%201)%20*%20np.exp(2*fit_mu*fit_sigma**2)*fit_mu_error)**2%20%2B%20(np.exp(2*fit_mu%20%2B%20fit_sigma**2)*(2*np.exp(fit_sigma**2*fit_sigma)%20%2B%20np.exp(fit_sigma**2)%20-%201)*fit_sigma_error)**2)%20%2F%20real_space_sigma%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20amp_string%20%3D%20f%22A%20%3D%20%7Bln_fit.params%5B'amplitude'%5D.value%3A.%7Bget_decimal_precision(ln_fit.params%5B'amplitude'%5D.stderr)%7Df%7D%20%5Cu00B1%20%7Bln_fit.params%5B'amplitude'%5D.stderr%3A.%7Bget_decimal_precision(ln_fit.params%5B'amplitude'%5D.stderr)%7Df%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mu_string%20%3D%20f'%5Cu03BC%20%3D%20%7Bfit_mu%3A.%7Bget_decimal_precision(fit_mu_error)%7Df%7D%20%5Cu00B1%20%7Bfit_mu_error%3A.%7Bget_decimal_precision(fit_mu_error)%7Df%7D'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigma_string%20%3D%20f%22%5Cu03C3%20%3D%20%7Bfit_sigma%3A.%7Bget_decimal_precision(fit_sigma_error)%7Df%7D%20%5Cu00B1%20%7Bfit_sigma_error%3A.%7Bget_decimal_precision(fit_sigma_error)%7Df%7D%22%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_mu_string%20%3D%20f'%5Cu03BC%3Csub%3Ereal%20space%3C%2Fsub%3E%20%3D%20%7Breal_space_mu%20%3A.%7Bget_decimal_precision(real_space_mu_error)%7Df%7D%20%5Cu00B1%20%7Breal_space_mu_error%3A.%7Bget_decimal_precision(real_space_mu_error)%7Df%7D'%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_sigma_string%20%3D%20f%22%5Cu03C3%3Csub%3Ereal%20space%3C%2Fsub%3E%20%3D%20%7Breal_space_sigma%20%3A.%7Bget_decimal_precision(real_space_sigma_error)%7Df%7D%20%5Cu00B1%20%7Breal_space_sigma_error%3A.%7Bget_decimal_precision(real_space_sigma_error)%7Df%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20error_warning_string%20%3D%20%22!!FIT%20DOES%20NOT%20ALLOW%20ERROR%20ESTIMATION!!%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20amp_string%20%3D%20f%22A%20%3D%20%7Bln_fit.params%5B'amplitude'%5D.value%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mu_string%20%3D%20f'%5Cu03BC%20%3D%20%7Bfit_mu%7D'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sigma_string%20%3D%20f%22%5Cu03C3%20%3D%20%7Bfit_sigma%7D%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_mu_string%20%3D%20f'%5Cu03BC%3Csub%3Ereal%20space%3C%2Fsub%3E%20%3D%20%7Breal_space_mu%7D'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20real_space_sigma_string%20%3D%20f%22%5Cu03C3%3Csub%3Ereal%20space%3C%2Fsub%3E%20%3D%20%7Breal_space_sigma%7D%22%0A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5Bp%5D.text%20%3D%20f'''%3Cu%3Efit%20from%20%7Bsource%7D%20values%3C%2Fu%3E%20%7Berror_warning_string%7D%3C%2Fbr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fbr%3E%7Bamp_string%7D%2C%20%7Bmu_string%7D%2C%20%7Bsigma_string%7D%20%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fbr%3ER%5Cu00B2%20%3D%20%7Bln_fit.rsquared%3A.3f%7D%2C%20reduced%20%5Cu03C7%5Cu00B2%20%3D%20%7Bln_fit.redchi%3A.3f%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fbr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fbr%3E%7Breal_space_mu_string%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fbr%3E%7Breal_space_sigma_string%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5Bp%5D.text%20%3D%20f'''%3Cb%3Efit%20from%20%7Bsource%7D%20did%20not%20converge!%20%3C%2Fbr%3EIf%20you%20can%2C%20try%20new%20values%3C%2Fb%3E'''%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5Bp%5D.x%20%3D%20x_pos%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5Bp%5D.y%20%3D%20float(get_max_y_value(fig))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20set_y_range(fig)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20ln_fit%0A%20%20%20%20return%20fit_lognormal_distribution%2C%20get_decimal_precision%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20distribution_selection%2C%0A%20%20%20%20estimated_lognormal_params%2C%0A%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20fit_from_estimated_button%2C%0A%20%20%20%20fit_from_simulated_button%2C%0A%20%20%20%20fit_lognormal_distribution%2C%0A%20%20%20%20lognormal_intensity_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_mu_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_sigma_number%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20if%20fit_from_simulated_button.value%20and%20len(file_button.value)%3E0%3A%20%23%20fitting%20from%20the%20simulated%20parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated%20%3D%20fit_lognormal_distribution(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_intensity_number.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_mu_number.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_sigma_number.value%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20source%20%3D%20%22simulated%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20if%20fit_from_estimated_button.value%20and%20len(file_button.value)%3E0%3A%20%23%20fitting%20from%20the%20estimated%20parameters%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated%20%3D%20fit_lognormal_distribution(estimated_lognormal_params%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20source%20%3D%20%22estimated%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20fit_from_estimated%2C%20fit_from_simulated%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(np)%3A%0A%20%20%20%20def%20get_max_y_value(fig)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20maxes%20%3D%20%5B0%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20d%20in%20fig.data%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20try%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20np.nanmax(d.y)%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20maxes.append(np.nanmax(d.y))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20except%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pass%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20max(np.array(maxes))%0A%20%20%20%20return%20(get_max_y_value%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20need%20to%20define%20this%20in%20its%20own%20cell%0A%20%20%20%20reset_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22reset%22)%0A%20%20%20%20update_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22update%20plot%22)%0A%20%20%20%20return%20reset_button%2C%20update_button%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20reset_button)%3A%0A%20%20%20%20%23%20UI%20elements%0A%20%20%20%20reset_button.value%20%20%23trigger%20when%20reset%20is%20pressed...%20%0A%0A%0A%20%20%20%20distribution_selection%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20options%3D%5B%22beta%22%2C%20%22lognormal%22%2C%20%22gamma%22%2C%20%22gaussian%22%5D%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22lognormal%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%3D%22choose%20distribution%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%20%0A%0A%20%20%20%20fit_from_estimated_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22fit%20from%20estimation%22)%0A%20%20%20%20fit_from_simulated_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22fit%20from%20simulated%22)%0A%0A%0A%20%20%20%20estimate_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22estimate%20distribution%20parameters%22)%0A%0A%20%20%20%20save_button%20%3D%20mo.ui.run_button(label%20%3D%20%22save%20result%22)%0A%0A%20%20%20%20show_estimated_checkbox%20%3D%20mo.ui.checkbox(value%20%3D%20True)%0A%20%20%20%20show_simulated_checkbox%20%3D%20mo.ui.checkbox(value%20%3D%20True)%0A%0A%20%20%20%20show_fit_from_estimated%20%3D%20mo.ui.checkbox(value%20%3D%20True)%0A%20%20%20%20show_fit_from_simulated%20%3D%20mo.ui.checkbox(value%20%3D%20True)%0A%0A%20%20%20%20file_button%20%3D%20mo.ui.file(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20filetypes%3D%5B%22.csv%22%5D%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20multiple%3DFalse%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20label%20%3D%20%22select%20data%22%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23on_change%20%3D%20on_upload%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20distribution_selection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimate_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_estimated_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fit_from_simulated_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_button%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_estimated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_fit_from_estimated%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_fit_from_simulated%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20show_simulated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(distribution_selection%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20set%20up%20the%20output...%0A%20%20%20%20if%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23fig.update_xaxes(range%20%3D%20%5B0%2Cnp.exp(get_lognormal_mu())*6*get_lognormal_sigma()%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_mu_number%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200%2C%20step%20%3D%200.1%2C%20value%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23on_change%3Dplot_simulated_lognormal%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_sigma_number%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200%2C%20step%20%3D%200.1%2C%20value%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23on_change%3Dplot_simulated_lognormal%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_intensity_number%20%3D%20mo.ui.number(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20start%20%3D%200%2C%20step%20%3D%200.1%2C%20%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20value%20%3D%201%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23on_change%3Dplot_simulated_lognormal%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23estimated_lognormal_intensity%20%3D%20%22-%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23estimated_lognormal_mu%20%3D%20%22-%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23estimated_lognormal_sigma%20%3D%20%22-%22%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_intensity_number%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_mu_number%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognormal_sigma_number%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20estimated_color%2C%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20show_estimated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_estimated%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_simulated%2C%0A%20%20%20%20show_simulated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20simulated_color%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20if%20show_estimated_checkbox.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B1%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%203%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B1%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%200%0A%0A%20%20%20%20if%20show_fit_from_estimated.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B2%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%203%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B2%5D.font%5B%22color%22%5D%20%3D%20estimated_color%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B2%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B2%5D.font%5B%22color%22%5D%20%3D%20%22white%22%0A%0A%20%20%20%20if%20show_simulated_checkbox.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B3%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%202%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B3%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%200%0A%0A%20%20%20%20if%20show_fit_from_simulated.value%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B4%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%202%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.font%5B%22color%22%5D%20%3D%20simulated_color%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.data%5B4%5D.line%5B%22width%22%5D%20%3D%200%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.font%5B%22color%22%5D%20%3D%20%22white%22%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20distribution_selection%2C%0A%20%20%20%20estimate_button%2C%0A%20%20%20%20estimated_lognormal_params%2C%0A%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20file_button%2C%0A%20%20%20%20fit_from_estimated_button%2C%0A%20%20%20%20fit_from_simulated_button%2C%0A%20%20%20%20get_max_y_value%2C%0A%20%20%20%20lognormal_intensity_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_mu_number%2C%0A%20%20%20%20lognormal_sigma_number%2C%0A%20%20%20%20reset_button%2C%0A%20%20%20%20save_button%2C%0A%20%20%20%20set_y_range%2C%0A%20%20%20%20show_estimated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_estimated%2C%0A%20%20%20%20show_fit_from_simulated%2C%0A%20%20%20%20show_simulated_checkbox%2C%0A%20%20%20%20x_axis_title%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20reset_button.value%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%20set%20this%20up%20so%20output%20is%20triggered...%20anytime%20any%20of%20the%20data%20is%20changed.%20%0A%20%20%20%20fig.data%5B0%5D.y%0A%20%20%20%20fig.data%5B1%5D.y%0A%20%20%20%20fig.data%5B2%5D.y%0A%20%20%20%20fig.data%5B3%5D.y%0A%20%20%20%20fig.data%5B4%5D.y%0A%20%20%20%20fig.layout%0A%20%20%20%20fig.layout.xaxis.title%5B'text'%5D%0A%0A%20%20%20%20fig.data%5B1%5D.line%5B%22width%22%5D%0A%20%20%20%20fig.data%5B2%5D.line%5B%22width%22%5D%0A%20%20%20%20fig.data%5B3%5D.line%5B%22width%22%5D%0A%20%20%20%20fig.data%5B4%5D.line%5B%22width%22%5D%0A%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B2%5D.text%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.text%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B2%5D.font%5B%22color%22%5D%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.font%5B%22color%22%5D%0A%0A%20%20%20%20fig.layout.xaxis.title%20%3D%20x_axis_title.value%20%23%20put%20this%20here%2C%20so%20when%20it%20changes%2C%20it%20re-runs%20this%20cell...%0A%0A%20%20%20%20set_y_range(fig)%0A%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B2%5D.y%20%3D%20get_max_y_value(fig)%0A%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.x%20%3D%20max(fig.data%5B3%5D.x)%0A%20%20%20%20fig.layout.annotations%5B4%5D.y%20%3D%20get_max_y_value(fig)%0A%0A%0A%20%20%20%20if%20distribution_selection.value%20%3D%3D%20%22lognormal%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20output%20%3D%20f'''%0A%20%20%20%20%3Ctable%20style%3D%22width%3A100%25%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%7Bdistribution_selection%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bfile_button%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Breset_button%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bestimate_button%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3Esimulated%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3Eamplitude%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bestimated_lognormal_params%5B0%5D%3A.3f%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Blognormal_intensity_number%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%5Cu03BC%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bestimated_lognormal_params%5B1%5D%3A.3f%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Blognormal_mu_number%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%5Cu03C3%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bestimated_lognormal_params%5B2%5D%3A.3f%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Blognormal_sigma_number%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bfit_from_estimated_button%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bfit_from_simulated_button%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3Eshow%20guess%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bshow_estimated_checkbox%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bshow_simulated_checkbox%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3Eshow%20fit%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bshow_fit_from_estimated%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bshow_fit_from_simulated%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bx_axis_title%7D%3C%2Ftd%3E%3Ctd%3E%7Bsave_button%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftable%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20'''%0A%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20output%20%3D%20f'''%3Ctr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ctd%3E%7Bdistribution_selection%7D%3C%2Ftd%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Ftr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7Bdistribution_selection.value%7D%20plotting%2Ffitting%20is%20not%20yet%20supported.%20Please%20choose%20a%20different%20distribution.'''%0A%20%20%20%20return%20(output%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20plotly%0A%20%20%20%20from%20plotly.subplots%20import%20make_subplots%0A%20%20%20%20from%20codechembook.quickPlots%20import%20quickBin%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20from%20scipy.stats%20import%20lognorm%0A%20%20%20%20from%20lmfit.models%20import%20LognormalModel%2C%20GaussianModel%0A%20%20%20%20import%20plotly.graph_objects%20as%20go%0A%20%20%20%20import%20math%0A%20%20%20%20from%20itertools%20import%20zip_longest%0A%20%20%20%20import%20json%0A%20%20%20%20import%20plotly.io%20as%20pio%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20GaussianModel%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20LognormalModel%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20go%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20json%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20lognorm%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20make_subplots%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20math%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pio%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plotly%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20quickBin%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20zip_longest%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(make_subplots%2C%20mo%2C%20reset_button)%3A%0A%20%20%20%20%23%20make%20a%20figure%20hat%20has%20three%20traces%20in%20it%0A%20%20%20%20%23%200%3A%20the%20bar%20chart%20that%20is%20the%20histogram%0A%20%20%20%20%23%201%3A%20the%20%0A%20%20%20%20%23%202%3A%20trace%20that%20is%20simulated%20from%20guesses%0A%20%20%20%20%23%203%3A%20the%20trace%20that%20is%20the%20result%20of%20fitting%0A%20%20%20%20%23%20the%20idea%20is%20that%20we%20can%20just%20replace%20the%20x%2Cy%20values%20in%20the%20traces%20as%20generated%2Fupdated.%20%0A%0A%20%20%20%20reset_button.value%0A%0A%0A%20%20%20%20x_axis_title%20%3D%20mo.ui.text(value%20%3D%20%22x-values%22%2C%20label%20%3D%20%22x%20axis%20title%22)%0A%0A%0A%20%20%20%20estimated_lognormal_params%20%3D%20%5B0.0%2C0.0%2C0.0%5D%0A%0A%20%20%20%20estimated_color%20%3D%20%22darkcyan%22%0A%20%20%20%20simulated_color%20%3D%20%22darkorange%22%0A%0A%20%20%20%20fig%20%3D%20make_subplots()%0A%20%20%20%20fig.add_bar(showlegend%20%3D%20False%2C%20marker%20%3D%20dict(color%20%3D%20%22lightgrey%22%2C%20line%20%3D%20dict(color%20%3D%20%22black%22)))%20%23%20data%5B0%5D%0A%20%20%20%20fig.add_scatter(showlegend%20%3D%20False%2C%20mode%20%3D%20%22lines%22%2C%20line%20%3D%20dict(color%20%3D%20estimated_color%2C%20dash%20%3D%20%22dot%22%2C%20width%20%3D%203))%20%23%20hold%20the%20estimated%20plot%0A%20%20%20%20fig.add_scatter(showlegend%20%3D%20False%2C%20mode%20%3D%22lines%22%2C%20line%20%3D%20dict(color%20%3D%20estimated_color%2C%20width%20%3D%203))%20%23%20hold%20the%20fit%20from%20estimated%0A%0A%20%20%20%20fig.add_scatter(showlegend%20%3D%20False%2C%20mode%20%3D%20%22lines%22%2C%20line%20%3D%20dict(color%20%3D%20simulated_color%2C%20dash%20%3D%20%22dot%22%2C%20width%20%3D%202))%20%23%20hold%20the%20simulated%20plot.%20%0A%20%20%20%20fig.add_scatter(showlegend%20%3D%20False%2C%20mode%20%3D%20%22lines%22%2C%20line%20%3D%20dict(color%20%3D%20simulated_color%2C%20width%20%3D%202))%20%23%20hold%20the%20simulated%20plot.%20%0A%0A%0A%20%20%20%20%23%20add%20annotations%20that%20correspond%20to%20each%20of%20the%20above%0A%20%20%20%20fig.add_annotation(showarrow%20%3D%20False%2C%20text%20%3D%20%22%22%2C%20xanchor%20%3D%20%22left%22%2C%20yanchor%20%3D%20%22bottom%22%2C%20xref%20%3D%20%22x%22%2C%20yref%20%3D%20%22y%22%2C%20font%20%3D%20dict(color%20%3D%20%22rgba(0%2C0%2C0%2C0)%22))%20%23%20hold%20any%20annotation%20for%20data%2C%20maybe%20the%20original%20data%3F%20will%20be%20transparent%0A%0A%20%20%20%20fig.add_annotation(showarrow%20%3D%20False%2C%20text%20%3D%20%22%22%2C%20xanchor%20%3D%20%22left%22%2C%20yanchor%20%3D%20%22bottom%22%2C%20xref%20%3D%20%22x%22%2C%20yref%20%3D%20%22y%22%2C%20font%20%3D%20dict(color%20%3D%20estimated_color))%20%23%20hold%20the%20annotation%20from%20the%20estimated%20line%0A%20%20%20%20fig.add_annotation(showarrow%20%3D%20False%2C%20text%20%3D%20%22%22%2C%20xanchor%20%3D%20%22left%22%2C%20yanchor%20%3D%20%22bottom%22%2C%20xref%20%3D%20%22x%22%2C%20yref%20%3D%20%22y%22%2C%20font%20%3D%20dict(color%20%3D%20estimated_color))%20%23%20hold%20the%20annotation%20from%20the%20estimated%20fit%0A%0A%20%20%20%20fig.add_annotation(showarrow%20%3D%20False%2C%20text%20%3D%20%22%22%2C%20xanchor%20%3D%20%22right%22%2C%20yanchor%20%3D%20%22bottom%22%2C%20xref%20%3D%20%22x%22%2C%20yref%20%3D%20%22y%22%2C%20font%20%3D%20dict(color%20%3D%20simulated_color))%20%23%20hold%20the%20annotation%20from%20the%20simulated%20line%0A%20%20%20%20fig.add_annotation(showarrow%20%3D%20False%2C%20text%20%3D%20%22%22%2C%20xanchor%20%3D%20%22right%22%2C%20yanchor%20%3D%20%22bottom%22%2C%20xref%20%3D%20%22x%22%2C%20yref%20%3D%20%22y%22%2C%20font%20%3D%20dict(color%20%3D%20simulated_color))%20%23%20hold%20the%20annotation%20from%20the%20simulated%20fit%0A%0A%20%20%20%20fig.update_xaxes(title%20%3D%20%22x-values%22)%0A%20%20%20%20fig.update_yaxes(title%20%3D%20%22counts%22)%0A%0A%20%20%20%20fig.update_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'text'%3A%20%22%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'x'%3A%200.5%2C%20'y'%3A%200.99%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'xanchor'%3A%20'center'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20template%20%3D%20%22simple_white%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20bargap%20%3D%200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20pass%20%23%20just%20so%20the%20figure%20is%20not%20shown%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimated_color%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20estimated_lognormal_params%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20simulated_color%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x_axis_title%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A